Гербарий собрать: как сделать правильно альбом или папку своими руками, как засушить цветы, фото в интерьере

Передовая статья: Эволюционная генетика и геномика растений на основе коллекций гербариев

Готово: Коллекции гербариев как инструменты исследования

За прошедшие столетия и особенно в последние десятилетия коллекции гербариев во всем мире накопили около 350 миллионов образцов растений и грибы, хранящиеся в 3400 гербариях по всему миру (Soltis, 2017). Многие из этих образцов включают еще не описанные виды, которых, по оценкам, около 70 000 (Bebber et al., 2010), и поэтому они представляют собой потенциально весьма значительный вклад в таксономию и систематику.

Эти коллекции представляют собой огромный репозиторий ботанических метаданных не только на уровне самого образца — с соответствующими данными о месте сбора, популяции и связанных патогенах (Yoshida et al., 2015; James et al., 2018)— но и на уровне признаков и признаков, таких как морфология листа (Queenborough, 2017), ген (Bieker and Martin, 2018) и геном (GGBN; Seberg et al., 2016). Анализ этих метаданных позволяет нам оглянуться назад — и, возможно, даже вперед — во времени, проверяя исторические биологические гипотезы, идентифицируя вымершие генотипы, а также моделируя прошлые экологические процессы или экстраполируя будущие тенденции. В частности, для растений с длительным временем генерации часто невозможно наблюдать генетические изменения на протяжении многих поколений в экспериментах в теплицах. Поскольку временные ряды для многих видов растений могут быть собраны из глобальных гербариев, эти коллекции облегчают более подробное изучение растений, например, для оценки скорости мутаций после интродукции в новый ареал (Exposito-Alonso et al., 2018). Фактически, коллекции гербариев в совокупности можно рассматривать как часть Global Museum , в котором можно решать новые вопросы, используя новые комбинации дисциплин, которые до сих пор обычно не взаимодействовали (Bakker et al., 2020), и в котором важную роль играет оцифровка коллекций гербариев (Soltis, 2017).

Гербарная ДНК

За последние три десятилетия накопился значительный объем литературы, посвященной гербарной ДНК, в основном посвященной ее свойствам и посмертным повреждениям (например, Savolainen et al., 1995; Staats et al., 2011, 2013; Weiss et al. , 2016) и его потенциальной полезности для биологических выводов (например, Erkens et al., 2008; Drábková et al., 2002; Telle and Thines, 2008; Särkinen et al., 2012; Bakker et al. , 2016; Гутакер и др., 2017; Брюэр и др., 2019.). Общий вывод заключался в том, что архивная ДНК растений удивительно хорошо сохранилась, несмотря на частое нагревание образцов во время сбора и хранения. В отличие от тканей животных, клеточная стенка растительного (и грибкового) материала, вероятно, обеспечивает хорошую защиту от повреждения ДНК, вызванного окислительным стрессом (Mateiu and Rannala, 2008; Roldan-Arjona and Ariza, 2009).

Ядерные геномы растений, как правило, намного больше, чем геномы животных и грибов (Gregory et al., 2007), и характеризуются большим количеством повторов, которые могут препятствовать сборке геномных последовательностей. Но при условии существования существующей эталонной последовательности генома возможны исследования всего генома, включая гербарные образцы. Например, Exposito-Alonso et al. , 2018 повторно секвенировали ядерные геномы 36 Arabidopsis thaliana образцов гербария, собранных в период с 1863 по 1993 год. Поскольку количество доступных референсных геномов быстро увеличивается, отчасти благодаря таким инициативам, как Earth BioGenome Project (Lewin et al., 2018), этот подход становится доступным даже для не модельных виды растений.

Пластомы с их структурной консервативностью у наземных растений (Wicke and Schneeweiss, 2015), скромной длиной около 160 т.п.н. и высоким числом копий в клетке оказались возможными мишенями для исследований ДНК гербариев, особенно благодаря применению « анализ генома» (Straub et al., 2012; Bakker, 2017). Замечательные примеры секвенирования пластома из гербарной ДНК включают ныне вымершие виды, как, например, de-novo сборка полного (Zedane et al., 2015) и митогенома (Van de Paer et al., 2018) 140-летнего экземпляра Hesperelaea (Oleacea), эталонная сборка пластома 167-летнего экземпляра Leptagrostis schimperiana (Arundinoideae, Poaceae) для определения его таксономического положения (Hardion et al. , 2020), а также реконструкция полного пластома из ныне вымершего эндемического Гавайский монетный двор Stenogyne haliakalae (Уэлч и др., 2016). Из-за их влияния на растениеводство и развития устойчивости к гербицидам сорняки также представляют общий интерес. Например, здесь Sablok et al. внести реконструированную последовательность пластома Ambrosia trifida (Asteraceae) из образца гербария, собранного в 1886 году, и исследовать устойчивость растения к широко используемому гербициду глифосату.

Древние аллели

Образцы гербария содержат ДНК не только самого образца, но и ассоциированных микробов и патогенов, которые можно использовать для эволюционных и экологических выводов (Bieker et al., 2020). Действительно, примеры, в которых гербарная ДНК способствовала эволюционному генетическому выводу, были сосредоточены на исторических патогенах (Martin et al., 2013; Yoshida et al., 2014, 2015), определяющих генотип оомицета-патогена растений Phytophthora infestans , вызвавший картофельный голод в Ирландии в девятнадцатом веке. Ристайно резюмирует возникающие закономерности в глобальном распространении Phytophthora и то, как микологические и растительные гербарии сыграли важную роль в реконструкции путей перемещения патогенов растений. Древние аллели в Alopecurus myosuroides Huds., относящиеся к устойчивости к гербицидам, но предшествующие влиянию человека, были обнаружены в ДНК гербария Délye et al. (2013). Точно так же Besnard et al. (2014), используя ДНК из 100-летнего образца мадагаскарского гербария, реконструировали сдвиг в лежащей в основе генетике от C ₃ — C ₄ в фотосинтезе травы. Эти примеры демонстрируют, что в настоящее время мы находимся на заре эры исторической геномики гербариев (Buerki and Baker, 2015; Bieker and Martin, 2018), и вполне вероятно, что в последующие годы будет создан большой объем архивных геномных данных растений. приходить.

То, что при секвенировании ДНК гербария остаются проблемы, связанные с кладой или типом, иллюстрирует Forin et al. , который описывает случай с микологическим гербарием Саккардо и то, как было возможно секвенирование рибосомной ДНК 100-летних образцов грибов. Форин и др. указывают на потенциал геномики микологического гербария, поскольку только около 1% всех известных видов грибов в настоящее время имеют связанные последовательности ДНК в общедоступных базах данных.

Штрих-кодирование ДНК и мета-штрих-кодирование

Штрих-кодирование ДНК является широко используемым методом идентификации видов и филогенетического анализа. Он основан на амплификации коротких консервативных геномных локусов, которые демонстрируют достаточную изменчивость для разделения видов, но имеют низкую внутривидовую изменчивость. Из-за высокого уровня фрагментации ДНК (Weiss et al., 2016) сложно получить секвенирование штрих-кода для гербарных образцов (Prosser et al., 2016). Кистенич и др. изучить секвенирование ДНК ок. 9Часть длинной митохондриальной рибосомной малой субъединицы (mtSSU) длиной 00 п.н. из исторических образцов лишайников с использованием двухэтапного подхода ПЦР с последующим секвенированием Ion Torrent. Их подход продемонстрировал высокий уровень успеха по сравнению с традиционным секвенированием по Сенгеру, предоставив достаточно информации о секвенировании для идентификации видов даже в 150-летнем образце. Более того, не было обнаружено существенной корреляции между успехом секвенирования и экологией среды обитания исследованных образцов, что обеспечивает уверенность в будущих проектах секвенирования гербариев лишайников. Эти и другие методологические достижения предполагают, что информацию о штрих-коде также легче получить из гербарных и грибковых образцов, возраст которых часто превышает 100 лет.

Исследования штрихового кодирования, особенно с использованием меташтрихкодирования, в значительной степени зависят от полноты баз данных для идентификации видов. Для пополнения баз данных, которые в настоящее время содержат примерно 20% описанных наземных растений (Wilkinson et al., 2017), коллекции гербариев представляют собой ценный и в значительной степени неиспользованный ресурс. Сосредоточившись на биоразнообразии растений Австралии, Dormontt et al. привести веские доводы в пользу того, как следует систематически анализировать коллекции гербариев, чтобы извлечь выгоду из их научного потенциала, и что в этом первостепенное значение имеет сбор справочных данных по образцам.

Геномное секвенирование и другие данные из гербарной ДНК

Все более распространенное извлечение полногеномных данных SNP из гербарной ДНК представляет огромный потенциал для будущих филогенетических, популяционно-геномных и молекулярно-экологических исследований, включающих эти ценные образцы. Например, генотипирование путем секвенирования (GBS) видов Solidago из относительно молодых гербарных образцов, собранных в период с 1970 по 2010 год, было успешным в 98% образцов (Beck and Semple, 2015). Совсем недавно Ланг и соавт. (2020) описали очень многообещающий метод секвенирования с уменьшенным представительством, разработанный для гибридизации-захвата локусов ddRAD из исторических образцов растений, продемонстрировав свою полезность на Arabidopsis thaliana и Cardamine bulbifera . В геномном масштабе с более низкой пропускной способностью подходы целевого обогащения направлены на получение данных о последовательностях для сотен ядерно-кодируемых локусов из гербарных образцов (Hart et al., 2016; Brewer et al., 2019; Viruel et al., 2019). Форрест и др. проверить пределы подхода Hyb-Seq для секвенирования гербарных образцов, особенно в отношении исторических и современных методов сохранения образцов. Они показывают, что, хотя данные также могут быть получены из образцов низкого качества, методы сохранения, такие как нагревание и обработка спиртом, приводят к большей деградации ДНК и худшему извлечению ДНК. Наконец, Додсворт и соавт. исследовать некодирующий геном покрытосеменных, показав, что ДНК гербария практически неотличима от свежей ДНК при анализе кластеров ядерных геномных повторов и их распространенности. Таким образом, они утверждают, что гербарные коллекции могут способствовать дальнейшему геномному исследованию повторяющегося содержимого геномов растений, что дает дополнительные (ядерные) филогенетические маркеры, полезные на (под)видовом уровне (см. также Dodsworth et al., 2015).

Расширение масштабов использования коллекций

В этой теме собран ряд выдающихся недавних успехов в области генетического анализа гербарных образцов, что вдохновило нас на предсказание большого потенциала этих подходов для эволюционных геномных, популяционно-генетических, филогенетических и биосистематических открытий. в архивных растениях и связанных с ними микробных сообществах. Например, будущие исследования эволюции фотосинтеза или эволюционной экологии адаптивных и функциональных признаков, несомненно, выиграют от обширных образцов, предлагаемых коллекциями гербариев. Мы утверждаем, что находимся на заре эры гербарной геномики, когда к традиционным филогенетическим исследованиям, ставшим стандартом генетической работы на основе коллекций гербариев, вскоре придет поток экологических и эволюционных исследований, использующих большое количество геномных и генетические данные, полученные непосредственно из ваучерных образцов.

Вклад автора

MM задумал тему исследования. FB разработал редакционную статью при значительном участии VB и MM. Все авторы внесли свой вклад в статью и одобрили представленную версию.

Конфликт интересов

Авторы заявляют, что исследование проводилось при отсутствии каких-либо коммерческих или финансовых отношений, которые могли бы быть истолкованы как потенциальный конфликт интересов.

Благодарности

Мы благодарим многих авторов, предоставивших свои рукописи по этой теме исследования. Финансирование было предоставлено Норвежским исследовательским советом по гранту Young Research Talents 287327 для MM.

Ссылки

Bakker, FT (2017). Геномика гербария: скимминг и пластомика из архивных образцов. Webbia J. Таксон растений. геогр. 72, 35–45. doi: 10.1080/00837792.2017.1313383

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Баккер Ф. Т., Антонелли А., Кларк Дж. А., Кук Дж. А., Эдвардс С. В., Эриксон П. Г. П. и др. (2020). Глобальный музей: коллекции естествознания и будущее эволюционной науки и государственного образования. ПирДж. 8:e8225. doi: 10.7717/peerj.8225

PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

Баккер Ф. Т., Лей Д., Ю Дж., Мохаммадин С., Вей З., Ван де Керке С. и др. (2016). Геномика гербария: сборка последовательности пластома из ряда образцов гербария с использованием конвейера теративной сборки генома органеллы (IOGA). биол. J. Linnean Soc. 117:33–43. doi: 10.1111/bij.12642

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Беббер, Д. П., Карин, М. А., Вуд, Дж. Р. И., Уортли, А. Х., Харрис, Д. Дж., Пранс, Г. Т., и др. (2010). Гербарии являются важным рубежом для открытия видов. Проц. Натл. акад. науч. США 107, 22169–22171. doi: 10.1073/pnas.1011841108

PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

Бек, Дж. Б., и Семпл, Дж. К. (2015). Выборка следующего поколения: объединение геномики с гербарными образцами дает сигнал на уровне вида в Solidago (Asteraceae). Заяв. Растениевод. 3:1500014. doi: 10.3732/apps.1500014

PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

Бенар Г., Кристин П.-А., Мале П.-Ж. G., L’Huillier, E., Lauzeral, C., Coissac, E., et al. (2014). От музеев к геномике: образцы из старых гербариев проливают свет на переход от C3 к C4. Дж. Эксп. Бот. 65, 6711–621. doi: 10.1093/jxb/eru395

PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

Бикер, В. К., и Мартин, доктор медицины (2018). Значение и будущие перспективы эволюционного анализа ДНК в коллекциях исторических гербариев. Бот. лат. 165, 409–418. doi: 10.1080/23818107.2018.1458651

CrossRef Full Text | Google Scholar

Бикер В. К., Санчес Баррейро Ф., Расмуссен Дж. А., Брюнье М., Уэльс Н. и Мартин М. Д. (2020). Метагеномный анализ образцов исторического гербария выявляет посмертное микробное сообщество. Мол. Экол. Ресурс. 20, 1206–1219. doi: 10.1111/1755-0998.13174

Полный текст CrossRef | Google Scholar

Брюэр Г. Э., Кларксон Дж. Дж., Морин О., Зунтини А. Р., Барбер В., Беллот С. и др. (2019). Факторы, влияющие на целевое секвенирование 353 ядерных генов из гербарных образцов, охватывающих разнообразие покрытосеменных растений. Фронт. Растениевод. 10:1102. doi: 10.3389/fpls.2019.01102

PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Буерки, С., и Бейкер, В. Дж. (2015). Исследования на основе коллекций в геномную эпоху. биол. Дж. Линн. соц. 117, 5–10. doi: 10.1111/bij.12721

Полный текст CrossRef | Google Scholar

Делье, К., Дюльво, К., и Шовель, Б. (2013). Анализ ДНК гербарных образцов злакового сорняка Alopecurus myosuroides выявил устойчивость к гербицидам, предшествующим гербицидам. PLoS ONE 8:e75117. doi: 10.1371/journal.pone.0075117

PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Додсворт, С., Чейз, М.В., Келли, Л.Дж., Лейтч, И.Дж., Макас, Дж., Новак, П., и др. (2015). Обилие геномных повторов содержит филогенетический сигнал. Сист. биол. 64, 112–126. doi: 10.1093/sysbio/syu080

PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

Драбкова Л., Киршнер Дж. и Влчек К. (2002). Сравнение семи протоколов выделения и амплификации ДНК в исторических гербарных образцах Juncaceae. Завод Мол. биол. 20, 161–175. дои: 10.1007/BF02799431

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Google Scholar

Эркенс, Р. Х. Дж., Кросс, Х., Маас, Дж. В., Хунселаар, К., и Чатру, Л. В. (2008). Возраст и степень зелени гербарных образцов как предикторы успешного выделения и амплификации ДНК. Блюмеа 53, 407–428. doi: 10.3767/000651908X608052

Полный текст CrossRef | Google Scholar

Экспозито-Алонсо М., Беккер К., Шунеманн В. Дж., Рейтер Э., Сетцер К., Словак Р. и др. (2018). Скорость и потенциальная значимость новых мутаций в линии колонизирующих растений. Генетика PLoS. 14:e1007155. doi: 10. 1371/journal.pgen.1007155

PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

Грегори Т. Р., Николь Дж. А., Тамм Х., Куллман Б., Куллман К., Лейтч И. Дж. и др. (2007). Базы данных размеров генома эукариот. Nucleic Acids Research , 35, D332–D338. doi: 10.1093/nar/gkl828

PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

Гутакер Р. М., Рейтер Э., Фуртвенглер А., Шунеманн В. Дж. и Бурбано Х. А. (2017). Выделение ультракоротких молекул ДНК из гербарных образцов. Биотехнологии 62, 76–79. doi: 10.2144/000114517

PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

Хардион Л., Верлак Р., Каймак Э., Вила Б., Хаан-Архипов Г., Мартин М. М. и др. (2020). Секвенирование пластома 167-летнего гербарного образца и классическая морфология разрешают систематику двух потенциально вымерших видов трав. Бот. Дж. Линн. соц. боаа065. doi: 10.1093/botlinnean/boaa065

CrossRef Полный текст | Академия Google

Харт, М. Л., Форрест, Л.Л., Николлс, Дж.А., и Киднер, К.А. (2016). Извлечение сотен ядерных локусов из гербарных образцов. Таксон 65, 1081–1092. doi: 10.12705/655.9

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Джеймс С. А., Солтис П. С., Белбин Л., Чепмен А. Д., Нельсон Г., Пол Д. Л. и др. (2018). Данные гербария: глобальное биоразнообразие и ботанические потребности общества в новых исследованиях: глобальные. Заяв. Растениевод. 6:e1024. doi: 10.1002/aps3.1024

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

Ланг, П.Л.М., Вайсс, К.Л., Керстен, С., Латорре, С.М., Нагель, С., Никель, Б., и др. (2020). Гибридизационное ddRAD-секвенирование для популяционной геномики немодельных растений с использованием ДНК сильно деградированных исторических образцов. Мол. Экол. Ресурс. doi: 10.1111/1755-0998.13168

PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

Левин Х. А., Робинсон Г. Е., Кресс В. Дж. , Бейкер В. Дж., Коддингтон Дж., Крэндалл К. А. и др. (2018). Проект Earth BioGenome: секвенирование жизни для будущего жизни. Проц. Натл. акад. науч. США 115, 4325–4333. doi: 10.1073/pnas.1720115115

PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

Martin, MD, Cappellini, E., Samaniego, JA, Zepeda, M.L., Campos, P.F., Seguin-Orlando, A., et al. (2013). Реконструкция эволюции генома в исторических образцах возбудителя ирландского картофельного голода. Нац. коммун. 4, 1–7. doi: 10.1038/ncomms3172

PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Матейу, Л.М., и Раннала, Б.Х. (2008). Байесовский вывод об ошибках в древней ДНК, вызванных посмертной деградацией. Мол. биол. Эвол. 25, 1503–1511. doi: 10.1093/molbev/msn095

PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

Prosser, SWJ, deWaard, JR, Miller, SE, and Hebert, PDN (2016). Штрих-коды ДНК из образцов вековой давности с использованием секвенирования нового поколения. Мол. Экол. Ресурс . 16, 487–497. дои: 10.1111/1755-0998.12474

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

Куинборо, С. (2017). Коллекционные исследования функциональных признаков растений. на стр. 223-236 в книге И. Фрииса и Х. Балслева (редакторы), Коллекции тропических растений: наследие прошлого? Основные инструменты будущего? науч. Даника Б 6, 15–38. Доступно в Интернете по адресу: http://84.19.174.124/books/692/4979?lang=en

Ролдан-Архона Т. и Ариса Р. Р. (2009). Восстановление и толерантность к окислительному повреждению ДНК у растений. Мут. Рез. 681, 169–179. doi: 10.1016/j.mrrev.2008.07.003

PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

Саркинен Т., Стаатс М., Ричардсон Дж. Э., Коуэн Р. С. и Баккер Ф. Т. (2012). Как открыть сундук с сокровищами? оптимизация выделения ДНК из гербарных образцов. PLoS ONE 7:e43808. doi: 10.1371/journal.pone.0043808

PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

Саволайнен В. , Куэно П., Спичигер Р., Мартинес М. Д. П., Кревекер М. и Манен Ж.-Ф. (1995). Использование образцов гебария в филогенетике ДНК: оценка и усовершенствование. Завод Сист. Эвол. 197, 87–98.

Google Scholar

Себерг О., Дроге Г., Баркер К., Коддингтон Дж. А., Функ А., Гостел М. и др. (2016). Глобальная сеть биоразнообразия генома: сохранение плана Древа жизни – ботаническая перспектива. Энн. Бот . 118, 393–399. doi: 10.1093/aob/mcw121

PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Солтис, PS (2017). Оцифровка гербариев позволяет проводить новые исследования. Am J Бот. 104:1–4. doi: 10.3732/ajb.1700281

PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

Staats, M., Cuence, A., Richardson, J.E., Vrielink-van Ginkel, R., Petersen, G., Seberg, O., et al. (2011). Повреждения ДНК в растительных гербарных тканях. PLoS ONE 6:e28448. doi: 10.1371/journal.pone.0028448

PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Staats, M. , Erkens, R.H.J., van de Vossenberg, B., Wieringa, J.J., Kraaijeveld, K., Stielow, B., et al. (2013). Геномные сокровищницы: полное секвенирование генома гербарных и музейных образцов насекомых. PLoS ONE 8:e69189. doi: 10.1371/journal.pone.0069189

PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

Straub, S.C.K., Parks, M., Weitemeir, K., Fishbein, M., Cronn, R., Liston, A., et al. (2012). Навигация по вершине геномного айсберга: секвенирование нового поколения для систематики растений. утра. Дж. Бот. 99, 349–364. doi: 10.3732/ajb.1100335

PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

Телле С. и Тайнс М. (2008). Амплификация cox2 (~ 620 п.н.) из 2 мг образцов гербария возрастом до 129 лет, сравнение 19 методов экстракции и 15 полимераз. PLoS ONE 3:e3584. doi: 10.1371/journal.pone.0003584

PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

Ван де Паер, К. , Бушез, О., и Беснард, Г. (2018). Перспективы эволюционной митогеномики растений: тематическое исследование семейства оливковых (Oleaceae). Мол. Экол. Ресурс. 18, 407–423. doi: 10.1111/1755-0998.12742

PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

Вируэль Дж., Конехеро М., Идальго О., Покорный Л., Пауэлл Р. Ф., Форест Ф. и др. (2019). Метод, основанный на захвате мишени, для оценки плоидности гербарных образцов. Фронт. Растениевод. 10:937. doi: 10.3389/fpls.2019.00937

PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

Weiss, C.L., Schuenemann, VJ, Devos, J., Shirsekar, G., Reiter, E., Gould, B.A., et al. (2016). Временные закономерности повреждения и кинетика распада ДНК, извлеченной из растительных гербарных образцов. Р. Соц. Открытая наука . 3:160239. doi: 10.1098/rsos.160239

PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

Уэлч А. Дж., Коллинз К., Ратан А. , Драутц-Мозес Д. И., Шустер С. К. и Линдквист К. (2016). Стремление разрешить недавние излучения: пластидная филогеномика вымерших и находящихся под угрозой исчезновения гавайских эндемичных монетных дворов (Lamiaceae). Мол. Филогенет. Эвол. 99, 16–33. doi: 10.1016/j.ympev.2016.02.024

PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Вике, С., и Шнеевайс, Г. М. (2015). «Органеллярная геномика следующего поколения: возможности и подводные камни высокопроизводительных технологий для молекулярно-эволюционных исследований и систематики растений», в Секвенирование следующего поколения в систематике растений , редакторы Э. Хорандл и М. С. Аппельханс [Гессен: Международная ассоциация таксономии растений ( ИПТ)], 9–50.

Google Scholar

Wilkinson M.J., Szabo C., Ford C.S., Yarom Y., Croxford A.E., Camp A., et al. (2017). Замена Сэнгера секвенированием нового поколения для улучшения охвата и качества эталонных штрих-кодов ДНК для растений. Науч. Респ. 7:46040. doi: 10.1038/srep46040

PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

Йошида К., Бурбано Х. А., Краузе Дж., Тайнс М., Вейгель Д. и Камун С. (2014). Разработка гербариев для геномов патогенов растений: назад в будущее. PLoS Патог. 10:e1004028. doi: 10.1371/journal.ppat.1004028

PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

Йошида К., Сасаки Э. и Камун С. (2015). Компьютерный анализ ДНК древних патогенов из гербарных образцов: проблемы и перспективы. Фронт. Растениевод. 6:771. doi: 10.3389/fpls.2015.00771

PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

Зедан Л., Хонг-Ва К., Мурьенн Дж., Джезиорски К., Болдуин Б.Г. и Беснард Г. (2015). Музеомика освещает историю линии вымерших палеоэндемичных растений (Hesperelaea, Oleaceae), известной из коллекции 1875 года с острова Гуадалупе, Мексика. биол. J. Linnean Soc. 117, 44–57. doi: 10.1111/bij.12509

CrossRef Полный текст | Академия Google

Гербарий и микологическая коллекция Chrysler

Chrysler Herbarium (CHRB) — последний международно признанный гербарий, который все еще существует в штате Нью-Джерси. Более 140 000 коллекций сосудистых растений и водорослей, около 7 000 образцов мхов и печеночников и 2 600 образцов лишайников собраны и систематизированы и каталогизированы. Коллекция охватывает весь мир, с акцентом на Нью-Джерси и Среднюю Атлантику, и содержит образцы середины 1800-х годов.

Гербарий был создан во время пребывания в должности бывшего куратора Дэвида Фэйрбразерса, и новые коллекции постоянно пополняются студентами и исследователями. Гербарий включает в себя коллекции, подаренные бывшим колледжем Дугласа, Рутгерс-Камден, Рутгерс-Ньюарк, Принстонским университетом, Сельскохозяйственным музеем Нью-Джерси, а также копии из Бруклинского ботанического сада.

Здесь размещена коллекция культивируемых деревьев и кустарников дендрария Уиллоувуд, а бывшая коллекция науки о сорняках Колледжа Кука была также подарена доктором Ричардом Ильницки гербарию Крайслера.

Гербарий является специализированным хранилищем ваучеров на фармацевтические, экологические и сельскохозяйственные исследования на растительной основе в Университете Рутгерса. В гербарии регулярно проводятся исследовательские визиты или предоставляются данные национальным и международным исследователям, работающим над темами от таксономии растений до инвазивных видов, лекарственных растений и местной флористики.

Грибы : Микологический гербарий Рутгерса (RUTPP), который размещен вместе с CHRB, по оценкам, содержит более 40 000 коллекций грибов, в которых особое внимание уделяется микрогрибам и патогенам растений. Доктор Джеймс Уайт является куратором микологических коллекций. Гербарий также является гостевым домом для коллекций Микологической ассоциации Нью-Джерси.

Интернет-ресурсы : Онлайн-информация о наших коллекциях гербариев доступна через несколько веб-порталов, и у нас есть много текущих проектов по оцифровке, которые будут предоставлять изображения наших образцов онлайн (см.